असदुद्दीन ओवैसी ने चुनाव आयोग की निष्पक्षता और कार्यप्रणाली पर गंभीर सवाल उठाए हैं. उन्होंने मीडिया रिपोर्ट्स का हवाला देते हुए कहा कि चुनाव आयुक्तों के बीच तालमेल की भारी कमी है. ओवैसी के अनुसार, मुख्य चुनाव आयुक्तों द्वारा कई बार अपनी असहमति दर्ज कराने के बावजूद लिए गए फैसलों में पारदर्शिता नहीं दिखती. उन्होंने फॉर्म 6 के डिक्लेरेशन नियमों पर भी आपत्ति जताई और इसे देश में पिछले दरवाजे से राष्ट्रीय नागरिक रजिस्टर यानी एनआरसी लागू करने की कोशिश करार दिया.