NCERT के सिलेबस में मुगल इतिहास के अध्यायों के पुनरीक्षण के बाद से देश में एक नई बहस छिड़ गई है. इस बदलाव ने मुगलों की क्रूरता और उनके शासनकाल की सच्चाई पर सवाल खड़े कर दिए हैं. कुछ लोग मुगलों के शासन को 'गंगा जमुनी तहज़ीब' का दौर बताते हुए दंगों के अभाव का दावा कर रहे हैं, जबकि अन्य इतिहास के उन पन्नों को सामने लाने की बात कर रहे हैं जहाँ हिंदुओं के नरसंहार और मंदिरों को तोड़ने के आदेश दिए गए थे.