अल फलाह विश्वविद्यालय को लेकर राजनीतिक विवाद लगातार बढ़ रहा है. जमीयत उलेमा-ए-हिंद के अध्यक्ष अरशद मदनी ने कहा कि अगर मुस्लिम लंदन और न्यूयॉर्क जैसे बड़े शहरों के मेयर बन सकते हैं, तो भारत में मुस्लिम विश्वविद्यालय के कुलपति क्यों नहीं बन सकते. इस बयान के बाद सियासत गरमाई और बीजेपी, कांग्रेस, समाजवादी पार्टी समेत अन्य नेताओं ने इस पर अपनी प्रतिक्रिया दी.