व्हाट्सएप की प्राइवेसी को लेकर बड़े विवादों ने जन्म लिया है. अमेरिका के कैलिफोर्निया में Meta के खिलाफ कई देशों के यूजर्स ने साथ मिलकर मुकदमा दायर किया है. वे दावा कर रहे हैं कि Meta ने End-to-End Encryption के नाम पर यूजर्स को धोखा दिया है तथा उनके मैसेज स्टोर और विश्लेषण किए हैं. इस विषय पर इलॉन मस्क समेत Telegram के CEO Pavel Durov ने भी व्हाट्सएप की सुरक्षा पर सवाल उठाए हैं.