सोहराबुद्दीन मुठभेड़ मामले में जांच कर रही है सीबीआई की ओर भी उंगली उठ रही है. पहले इस मामले की जांच कर चुकी गुजरात पुलिस की अफसर गीता जौहरी ने सीबीआई पर आरोप लगाया है कि वह उन्हें धमका रही है.
जौहरी ने सुप्रीम कोर्ट में दायर क्यूरेटिव पिटिशन में यह तक कह दिया है कि सीबीआई उन्हें अमित शाह के खिलाफ सबूत देने पर मजबूर कर रही है. जौहरी ने सीबीआई जांच का आदेश देने वाले जस्टिस तरूण चटर्जी को भी कटघरे में खड़ा किया है.
सोहराबुद्दीन और उसकी पत्नी को नवंबर 2005 में एक मुठभेड़ में मार दिया गया था. जांच का काम पहले गुजरात पुलिस की अफसर गीता जौहरी ने किया लेकिन इस साल जनवरी में सुप्रीम कोर्ट ने जांच का काम सीबीआई को सौंप दिया. सीबीआई कई बार जोहरी से पूछचाछ कर चुकी है.