छांगुर बाबा पर करोड़ों के हेरफेर, जमीनों पर कब्जा और फंडिंग के आरोप हैं. लड़कियों के साथ गलत काम करने और धर्म का सौदागर होने का भी आरोप है. जांच एजेंसियों ने बाबा के आईएसआई कनेक्शन का खुलासा किया है. वह भारत को इस्लामिक देश बनाने के मंसूबे पाले हुए था और आईएसआई की शरण में जाना चाहता था. इसके लिए वह नेपाल के पाकिस्तानी दूतावास तक गया था.