UGC के नए नियमों और शंकराचार्य के अपमान से जुड़े मुद्दों पर अलंकार अग्निहोत्री का विवाद जारी है. बरेली में प्रशासन ने उनके आवास पर निलंबन नोटिस चस्पा किया है. इसके बाद अलंकार अग्निहोत्री जिलाधिकारी से मिलने की तैयारी कर रहे हैं लेकिन उनका दावा है कि उन्हें नजरबंद किया गया है. विभिन्न ब्राह्मण संगठनों ने उनसे संपर्क किया है और शंकराचार्य स्वरूपानंद ने उनका समर्थन किया है.