बांग्लादेशी घुसपैठ के मामले में राष्ट्रीय जांच एजेंसी को जांच के लिए जिम्मेदारी सौंपी गई है. एनआईए घुसपैठ के पूरे गिरोह और धन के लेन-देन का विस्तृत पता लगाएगी. इसके अलावा नई एफआईआर दर्ज किए जाने की भी संभावना है.