चारा घोटाला एक बड़ा मामला था जिसमें करोड़ों की हेराफेरी हुई थी और इसमें तत्कालीन मुख्यमंत्री लालू प्रसाद यादव का नाम सामने आया. जून 1997 में सीबीआई ने चार्जशीट दाखिल की, जिसे लालू ने साजिश बताया. सीबीआई जांच अदालत की निगरानी में चल रही थी, जिससे पार्टी में उनके इस्तीफे की मांग उठी. 3 जुलाई 1997 को संगठनात्मक चुनाव में शरद यादव अध्यक्ष बने, जिसके बाद 5 जुलाई को लालू ने राष्ट्रीय जनता दल नाम से अलग पार्टी बनाई.