अलीगढ़ यूनिवर्सिटी का जिन्ना विवाद अभी भी पूरी तरह से शांत नहीं हुआ है. हालांकि अचानक वहां से जिन्ना की तस्वीर तो हटा ली गई है लेकिन तनाव बरकरार है. अब तो कई मुस्लिम धार्मिक संगठनों ने भी अलीगढ़ यूनिवर्सिटी में जिन्ना की तस्वीर को गलत बताया है.