गुजरात दंगों की जांच कर रहे नानावती आयोग ने गोधरा ट्रेन कांड को पूर्वनियोजित साज़िश बताया है. आयोग के मुताबिक इस साज़िश को अंजाम देने के लिए पहले से पेट्रोल खरीदा गया था. यात्री ट्रेन से बाहर नहीं निकल पाएं, इसलिए बाहर से पथराव किया गया था.