साईं बाबा के चमत्कार किसी से छुपे नहीं है. उनके चमत्कारों को लेकर कहा जाता है कि एक डॉक्टर था, उसके भतीजे को कैंसर हो गया था. उस डॉक्टर ने अपने भतीजे का हर जगह इलाज करवाया, लेकिन उसकी सेहत बिगड़ती जा रही थी. अंत में थक हारकर वह अपने भतीजे को शिरडी ले आया और यहां पर उसने लगातार अपने भतीजे को बाबा की धूनी दी. साईं बाबा की धूनी के चमत्कार से डॉक्टर के भतीजे का कैंसर ठीक हो गया था.