प्रशांत किशोर ने बिहार में दो प्रमुख व्यक्तियों पर गंभीर आरोप लगाए हैं. उन्होंने सम्राट चौधरी पर बहुचर्चित शिल्पी गौतम हत्याकांड और 1995 के तारापुर हत्याकांड में शामिल होने का आरोप लगाया है. प्रशांत किशोर ने सरकार से सम्राट चौधरी को पद से बर्खास्त कर गिरफ्तार करने की मांग की है.