केरल स्टोरी 2 को लेकर विवाद अभी भी थमने का नाम नहीं ले रहा है. मुस्लिम समुदाय के कुछ लोग इसे बीजेपी सरकार का प्रोपगंडा मानते हैं, जबकि फिल्म मेकर और सत्तापक्ष का कहना है कि जो हुआ है वही फिल्म में दर्शाया गया है. कांग्रेस नेता शशि थरूर ने इस फिल्म पर टिप्पणी की.