ओवैसी ने चुनाव आयोग पर सवाल खड़े किए हैं. उन्होंने कहा कि बिहार में बुख्त तरीके से एनआरसी लागू करने की कोशिश की जा रही है, जिसका परिणाम यह होगा कि बिहार के गरीबों को बड़ी संख्या में होटल से बाहर कर दिया जाएगा. ओवैसी ने यह भी कहा कि इस तरह की कार्रवाई शुरू करने से लोगों का निर्वाचन आयोग पर भरोसा कमजोर हो जाएगा.