हुमायूं कबीर पार्टी बनाने के तुरंत बाद विवादों में आ गए हैं. मुर्शिदाबाद में बाबरी मस्जिद का शिलान्यास करने वाले हुमायूं कबीर पर आरोप है कि उन्होंने एक हिन्दू उम्मीदवार निशा चैटर्जी का टिकट काट दिया. निशा को बालीगंज विधानसभा सीट के लिए जनता उन्नयन पार्टी का टिकट दिया गया था, लेकिन सिर्फ बारह घंटे के भीतर इसे वापस ले लिया गया. इंटरनेट पर निशा के कुछ वीडियो और फोटो मिले, जिनमें उनके पहनावे और हाव-भाव को लेकर आपत्ति जताई गई. निशा का आरोप है कि उनके हिंदू होने के कारण यह कदम उठाया गया है.