अल फलाह विश्वविद्यालय को लेकर देश में राजनीतिक विवाद दिन-प्रतिदिन बढ़ रहा है. जमीयत उलेमा ए हिंद के अध्यक्ष मौलाना अरशद मदनी ने कहा कि जैसे मुस्लिम लंदन और न्यूयॉर्क के मेयर बन सकते हैं, वैसे भारत में मुस्लिम विश्वविद्यालय कुलपति क्यों नहीं बन सकते. उनके इस बयान पर बीजेपी, कांग्रेस और समाजवादी पार्टी के नेताओं ने प्रतिक्रिया दी है.